Zgodnie z Aneksem 1 do Umowy Ramowej pomiędzy Rządem Rzeczpospolitej Polskiej a Szwajcarską Radą Federalną, w ramach Szwajcarsko-Polskiego Programu Współpracy wyróżniamy cztery obszary priorytetowe:

• Priorytet 1. Bezpieczeństwo, stabilność, wsparcie reform
• Priorytet 2. Środowisko i infrastruktura
• Priorytet 3. Sektor prywatny
• Priorytet 4. Rozwój społeczny i zasobów ludzkich
  

Ponadto, w ramach tzw. alokacji specjalnych Szwajcarsko-Polskiego Programu współpracy, utworzono:

• Grant Blokowy dla Organizacji Pozarządowych i Polsko-Szwajcarskich Regionalnych Projektów Partnerskich
• Fundusz na Przygotowanie Projektów
• Fundusz Pomocy Technicznej

Wiecej informacji na temat ww. obszarów priorytetowych oraz alokacji specjalnych jest dostępnych w poszczególnych zakładkach.