Dla każdego obszaru tematycznego przeprowadzony zostanie nabór wniosków. System naboru wniosków przewiduje dwie podstawowe procedury naboru: konkursową oraz pozakonkursową.

Procedura konkursowa
Procedura konkursowa jest stosowana w tych obszarach wsparcia, których specyfika w kontekście wielkości alokacji pozwala na udzielenie dotacji stosunkowo dużej liczbie projektów. 
 
Procedura pozakonkursowa
W ramach procedury pozakonkursowej Właściwa Instytucja Pośrednicząca/KIK we współpracy z właściwym ministerstwem dokonuje identyfikacji przedsięwzięć kwalifikujących sie do uzyskania wsparcia, przy zastosowaniu zapisów Umowy ramowej oraz metody odpowiadającej specyfice danego obszaru wsparcia.

Generalnie, proces wnioskowania o dofinansowanie w ramach Szwajcarsko-Polskiego Programu Współpracy podlega dwustopniowej procedurze – przygotowanie Zarysu Projektu oraz opracowanie Kompletnej Propozycji Projektu. Pozytywna decyzja ws. akceptacji Zarysu Projektu jest równoznaczna z wystąpieniem do wnioskodawcy z prośbą o przygotowanie Kompletnej Propozycji Projektu. Zarówno w sprawie Zarysu Projektu, jak i Kompletniej Propozycji Projektu, wnioski oceniane są przez instytucje polskie i szwajcarskie. Ostateczną decyzję w sprawie przyznania dofinansowania podejmuje strona szwajcarska.

Składając Zarys Projektu można ubiegać się o środki z Funduszu na Przygotowanie Projektu. Fundusz ten zapewnia wsparcie finansowe procesu przygotowania Kompletnych Propozycji Projektów (np. studiów wykonalności, oceny oddziaływania na środowisko itd.).